Le bouchon vaseux est créé par la rencontre des eaux douces chargées en MES, des nutriments en solution et des eaux marines salées. La position de cette zone de turbidité maximale migre en fonction des conditions hydrodynamiques (marées et débits fluviaux).

Ainsi, en période d’étiage, le bouchon vaseux remonte vers la partie amont de l’estuaire et vers les parties fluviales. Pendant les périodes de crue, le bouchon vaseux redescend vers la partie aval et peut être partiellement expulsé vers l’océan. Les concentrations de matières ou sédiments en suspension rencontrées au sein du bouchon vaseux sont de 100 à 500 fois plus importantes que celles que l'on peut trouver dans le cours d'eau ou en mer. La partie déposée porte le nom de crème de vase, et son épaisseur est maximale en période de mortes eaux, car les courants sont moins intenses, favorisant les phases de dépôt. Ce stock, où la concentration des sédiments est très élevée (de 10 à 300 g/l dans la crème de vase), joue un rôle fondamental dans la qualité du milieu (exemple : éclairement, oxygénation). En effet, ces fortes concentrations limitent la pénétration de la lumière dans la colonne d’eau et ont un effet d’inhibition sur la production primaire. De plus, parmi d'autres conséquences, il contribue à l’encombrement des chenaux de navigation.

Position du bouchon vaseux a) En hiver b) En été